Область богата реками. Всего по территории области протекает 148 рек длиной более десяти километров, однако больше всего в области совсем коротких рек и ручьёв (длиной менее 10 км). На них приходится семь десятых общей протяжённости длины калининградских рек. Вообще же суммарная длина всех калининградских рек составляет почти тринадцать тысяч километров.

Крупнейшие реки области — Неман и Преголя, к бассейну этих двух рек относится бо́льшая часть территории области. Основные притоки Немана на территории области — Шешупе и Тыльжа, Преголи — Писса, Анграппа, Инструч, Лава.

Не относящиеся к бассеинам Немана и Преголи реки впадают либо в Куршский (Ржевка с притоками Злая, Оса, Швента и др.), либо в Калининградский залив (Прохладная с притоками Корневка, Майская и др.). Лишь небольшое количество малых рек впадает непосредственно в Балтийское море.

В Калининградской области насчитовается 38 озёр площадью более 0,1 км2 (вместе с водохранилищами и прудами). Самое большое из них — Виштынецкое озеро. Оно расположено на востоке области на границе с Литвой. Площадь этого озера — 16,62. С 1975 года оно имеет статус памятника природы.

Остальные озёра области невелики. Среди озёр области довольно много озёр-стариц. Таковы, например, относительно крупные озёра Воронье и Пустое (старицы Преголи). В Славском районе есть несколько небольших озёр-стариц Немана. На юго-втстоке области много озёр, образоавашихся в ходе таяния ледника. К этому семейству озёр относится и Виштынецкое озеро.

Также в области часто встречаются рукотворные озёра-пруды. Примерами таких озёр являются пруды Великий, Дивный и Школный, расположенные в Зелиноградском районе. Популярным местом отдыха калининградцев является расположенный на восточной окраине города пруд Чистый (в разговроном языке гораздо чаще называемый Исаковым озером).

Река Лава в двух местах перегорожена дамбами гироэлектростанций, здесь образовались водохранилища.

Другую группу рукотворных озёр Калининградской области составляют озёра — бывшие карьеры. За юго-западной окраиной Калининграда лежит группа таких озёр, известных под общим названием Голубые озёра. Эти озёра являются зоной отдыха горожан. Рядом с посёлком Янтарным расположено крупное озеро, бывшее раньше янтарным карьером.

Самыми большими внутренними водоёмами области являются заливы Балтийского моря — Куршский и Калининградский (Вислинский). Фактически они являются лагунами — лиманами, отгороженными от моря песчаными косами, Куршской и Балтийской (Вислинской) соотвественно. Вода в заливах пресная.